Desde su creación en 2010, la Facultad de Ciencias de la Universidad Santo Tomás se ha consolidado en la enseñanza de las ciencias básicas y en la investigación de alto nivel en biotecnología, biología molecular y ciencias ambientales. Su enfoque académico se distingue por la combinación de una sólida formación teórica con el desarrollo de capacidades analíticas y prácticas, preparando a sus estudiantes para enfrentar los desafíos del mundo científico con una visión innovadora y sostenible.​

La Facultad está conformada por el programa de Bachillerato en Ciencias, la Escuela de Biotecnología y el Departamento de Ciencias Básicas. Además, cuenta con destacados centros de investigación, entre ellos el Centro Austral Biotech, el Centro de Investigación e Innovación para el Cambio Climático y el Centro Bahía Lomas, espacios donde se genera conocimiento de vanguardia con impacto tanto a nivel nacional como internacional.​

El compromiso de la Facultad de Ciencias es formar profesionales íntegros y altamente capacitados, con un fuerte sentido de responsabilidad social y ética. Su propósito es ser reconocida como una unidad académica de excelencia, cuyo aporte a la sociedad se refleje en la calidad de sus egresadas y egresados y en el impacto de sus investigaciones. A través de una formación que integra valores, creatividad y eficiencia, la Facultad busca contribuir al desarrollo sostenible y a la generación de soluciones innovadoras para los desafíos actuales y futuros de la humanidad.​