La UST inició sus actividades en 1990 en Santiago, con seis carreras y una matrícula de 350 estudiantes. A partir de ahí, comenzó a avanzar en su desarrollo institucional, permitiéndole obtener en 2003 su autonomía por parte del Consejo Superior de Educación. Al año siguiente inició su proceso de expansión, con la inauguración de diez sedes en regiones e incorporó nuevas carreras a su oferta académica.

En 2005 obtuvo su primera acreditación por parte de la Comisión Nacional de Acreditación de Pregrado, asegurando con ello la calidad de su proyecto educativo. En la actualidad, cuenta con 12 sedes desde Arica hasta Puerto Montt, más de 26 mil estudiantes y cerca de 64 mil egresadas y egresados de sus ocho facultades.

Una de las características diferenciadoras de la Universidad es su potente vinculación internacional, especialmente con China. La UST es la primera institución de Latinoamérica en contar con un Instituto Confucio, inaugurado en 2007 en la sede de Viña del Mar, presente hoy en 19 ciudades del país. Asimismo, mantiene convenios de intercambio con 106 casas de estudio de 29 países y es una de las fundadoras del Consejo Internacional de Universidades en el Espíritu de Santo Tomás de Aquino, ICUSTA, iniciado en 1993.

Por otra parte, gracias a la creación de nueve centros de investigación aplicada e innovación, se ha posicionado como una de las universidades con proyección en investigación del país, siendo reconocida en el ranking Scimago 2019, ocupando el puesto número 12 entre los planteles de educación superior chilenos.

En 2021 la UST obtuvo la acreditación en Nivel Avanzado por cuatro años ante la Comisión Nacional de Acreditación (CNA), en las áreas de Gestión Institucional y Docencia de Pregrado, formando parte del nuevo Sistema de Acceso a la Educación Superior que fue creado en el marco de la Ley de Educación Superior.

Luego de este exitoso proceso de acreditación, la UST ingresó a la gratuidad, que se hace efectiva a partir de 2022 para sus actuales y futuros estudiantes.

Ese mismo año decretó una nueva Política de Relacionamiento con Egresadas y Egresados. Al año siguiente aprobó una nueva Política de Vinculación con el Medio y promulgó la Política Integral de Equidad de Género, Inclusión, Diversidad y Acoso Sexual.

Otro hito de 2022 fue la acreditación ante la CNA-Chile del Magíster en Diagnóstico Molecular para su Aplicación en el Laboratorio Clínico e Investigación y de tres programas de la Facultad de Educación.

En 2023 la Universidad estableció una alianza con la Corporación Financiera Internacional (IFC) para llevar adelante un proyecto institucional de largo plazo, que se desarrollará entre 2023 y 2032.

Asimismo, creó el Doctorado en Estudios Psicológicos y Sociales del Bienestar, segundo programa de este tipo que imparte la UST, y que acredita por dos años el Doctorado en Conservación y Gestión de la Biodiversidad por parte de la CNA.